W Archiwum Uniwersytetu Jagiellońskiego działa Rada Archiwalna. Rada Archiwalna pełni funkcje opiniodawczo-doradcze przy Dyrektorze Archiwum UJ. Radę Archiwalną powołuje Rektor UJ na wniosek Dyrektora Archiwum UJ.
Rada Archiwalna odbywa posiedzenia i podejmuje uchwały zwykłą większością głosów w obecności co najmniej połowy pełnego jej składu.
Zasady i tryb działania Rady Archiwalnej określa § 7 Regulaminu Archiwum Uniwersytetu Jagiellońskiego.
1. dr hab. Przemysław Żukowski, prof. UJ – Dyrektor Archiwum Uniwersytetu Jagiellońskiego – przewodniczący;
2. dr hab. Paweł Cichoń – Wydział Prawa i Administracji;
3. prof. dr hab. Marcin Karas – Wydział Filozoficzny;
4. dr hab. Konrad Wnęk, prof. UJ – Wydział Historyczny;
5. prof. dr hab. Władimir Miakiszew – Wydział Filologiczny;
6. prof. dr hab. Zofia Zarębianka – Wydział Polonistyki;
7. mgr Katarzyna Dobija – Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej;
8. dr hab. Zenon Jabłoński, prof. UJ – Wydział Matematyki i Informatyki;
9. dr hab. Magdalena Kurdziel – Wydział Chemii;
10. prof. dr hab. Piotr Köhler – Wydział Biologii;
11. prof. dr hab. Anna Gruca – Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej;
12. dr hab. Renata Król-Mazur – Wydział Studiów Międzynarodowych i Politycznych;
13. prof. dr hab. Jarosław Czyż – Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii;
14. mgr Małgorzata Perier-Włodarska – Wydział Geografii i Geologii;
15. prof. dr hab. Ryszard Gryglewski – Wydział Lekarski;
16. dr Agnieszka Rzepiela – Wydział Farmaceutyczny;
17. mgr Marcin Kapka – Wydział Nauk o Zdrowiu;
18. Igor Waligórski – Archiwum Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Skład Rady Archiwalnej w kadencji 2020–2024:
1. Prof. dr hab. Krzysztof Ożóg – Dyrektor Archiwum UJ – przewodniczący (do 2022); dr hab. Przemysław M. Żukowski, prof. UJ – Dyrektor Archiwum UJ – przewodniczący (od 2022)
2. Dr hab. Paweł Cichoń – Wydział Prawa i Administracji
3. Prof. dr hab. Marcin Karas – Wydział Filozoficzny
4. Dr hab. Wojciech Krawczuk, prof. UJ – Wydział Historyczny
5. Dr hab. Władimir Miakiszew, prof. UJ – Wydział Filologiczny
6. Prof. dr hab. Zofia Zarębianka – Wydział Polonistyki
7. Mgr Dorota Antosiewicz – Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
8. Dr hab. Zenon Jabłoński, prof. UJ – Wydział Matematyki i Informatyki
9. Dr hab. Dariusz Matoga, prof. UJ – Wydział Chemii
10. Prof. dr hab. Piotr Köhler – Wydział Biologii
11. Dr hab. Anna Gruca, prof. UJ – Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej
12. Prof. dr hab. Grzegorz Mazur (do 2022) – Wydział Studiów Międzynarodowych i Politycznych
13. Prof. dr hab. Jarosław Czyż – Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
14. Mgr Małgorzata Perier-Włodarska – Wydział Geografii i Geologii
15. Prof. dr hab. Ryszard Gryglewski – Wydział Lekarski
16. Dr hab. Tadeusz Librowski, prof. UJ – Wydział Farmaceutyczny
17. Dr Beata Ogórek-Tęcza – Wydział Nauk o Zdrowiu
18. Dr hab. Maciej Zdanek – Archiwum UJ
Skład Rady Archiwalnej w kadencji 2016–2020:
1. Prof. dr hab. Krzysztof Ożóg – dyrektor Archiwum UJ – przewodniczący
2. Dr hab. Paweł Cichoń – Wydział Prawa i Administracji
3. Prof. dr hab. Marcin Karas – Wydział Filozoficzny
4. Dr hab. Wojciech Krawczuk – Wydział Historyczny
5. Dr hab. Władimir Miakiszew – Wydział Filologiczny
6. Prof. dr hab. Zofia Zarębianka – Wydział Polonistyki
7. Mgr Dorota Antosiewicz – Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
8. Dr hab. Antoni L. Dawidowicz – Wydział Matematyki i Informatyki
9. Dr hab. Andrzej Turek – Wydział Chemii
10. Prof. dr hab. Piotr Köhler – Wydział Biologii i Nauk o Ziemi
11. Dr hab. Ryszard Gryglewski, prof. UJ – Wydział Lekarski
12. Dr hab. Tadeusz Librowski, prof. UJ – Wydział Farmaceutyczny
13. Dr Wojciech Klapa – Wydział Nauk o Zdrowiu
14. Dr hab. Anna Gruca – Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej
15. Prof. dr hab. Grzegorz Mazur – Wydział Studiów Międzynarodowych i Politycznych
16. Prof. dr hab. Jarosław Czyż – Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
17. Dr Maciej Zdanek – Archiwum UJ
Skład Rady Archiwalnej w kadencji 2012–2016:
1. Prof. dr hab. Krzysztof Ożóg – dyrektor Archiwum UJ – przewodniczący
2. Dr hab. Andrzej Dziadzio, prof. UJ – Wydział Prawa i Administracji
3. Dr hab. Marcin Karas – Wydział Filozoficzny
4. Dr hab. Wojciech Krawczuk – Wydział Historyczny
5. Dr hab. Władimir Miakiszew – Wydział Filologiczny
6. Prof. dr hab. Zofia Zaręba – Wydział Polonistyki
7. Mgr Dorota Antosiewicz – Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
8. Prof. dr hab. Ludwik M. Drużkowski – Wydział Matematyki i Informatyki
9. Dr hab. Andrzej Turek – Wydział Chemii
10. Dr hab. Piotr Köhler – Wydział Biologii i Nauk o Ziemi
11. Dr hab. Ryszard Gryglewski – Wydział Lekarski
12. Dr hab. Tadeusz Librowski – Wydział Farmaceutyczny
13. Dr Wojciech Klapa – Wydział Nauk o Zdrowiu
14. Dr hab. Anna Gruca – Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej
15. Prof. dr hab. Grzegorz Mazur – Wydział Studiów Międzynarodowych i Politycznych
16. Dr hab. Jarosław Czyż – Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
17. Dr Maciej Zdanek – przedstawiciel pracowników Archiwum
Skład Rady Archiwalnej w kadencji 2008–2012:
1. Prof. dr hab. Krzysztof Stopka – dyrektor Archiwum UJ – przewodniczący
2. Dr hab. Andrzej Dziadzio – Wydział Prawa i Administracji
3. Dr hab. Marcin Karas – Wydział Filozoficzny
4. Prof. dr hab. Julian Dybiec – Wydział Historyczny
5. Prof. dr hab. Adam Fałkowski – Wydział Filologiczny
6. Prof. dr hab. Maria Strycharska-Brzezina – Wydział Polonistyczny
7. Dr hab. Jerzy Konior – Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
8. Prof. dr hab. Ludwik M. Drużkowski – Wydział Matematyki i Informatyki
9. Dr hab. Andrzej Turek – Wydział Chemii
10. Dr hab. Piotr Köhler – Wydział Biologii i Nauk o Ziemi
11. Prof. dr hab. Andrzej Śródka – Wydział Lekarski
12. Dr Krzysztof Kmieć – Wydział Farmaceutyczny
13. Dr Wojciech Klapa – Wydział Nauk o Zdrowiu
14. Dr hab. Anna Guca – Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej
15. Prof. dr hab. Grzegorz Mazur – Wydział Studiów Międzynarodowych i Politycznych
16. Dr hab. Jarosław Czyż – Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
17. Dr Mariusz Jakubek – z-ca dyrektora Archiwum
18. Mgr Grzegorz Fulara – Biblioteka Jagiellońska
19. Mgr Beata Mokrzycka – administracja ogólnouczelniana – Dział Organizacji.