001 - Dyplomy pergaminowe 1274–1938
002 - Rękopisy XV–XVIII w.
003 - Akta papierowe XV–XVIII w.
004 - Senat i władze nadrzędne UJ 1796–1849
005 - Wydział Teologiczny 1803–1849
006 - Wydział Prawa 1803–1849
007 - Wydział Lekarski 1803–1849
008 - Wydział Filozoficzny 1805–1849
009 - Senat Akademicki 1849–1939
010 - Wydział Teologiczny 1850–1954
011 - Wydział Prawa 1849–1939
012 - Szkoła Nauk Politycznych 1920–1949
013 - Wydział Lekarski 1849–1949
014 - Komisja Kliniczna (1885) 1906–1949
015 - Kuratorium Zakładów Leczniczych (1915) 1921–1949
016 - Studium Wychowania Fizycznego 1927–1949
017 - Wydział Filozoficzny 1849–1945
018 - Oddział Farmaceutyczny 1920–1947
019 - Komisja Magisterska 1927–1952
020 - Studium Rolnicze 1890–1923
021 - Studium Pedagogiczne 1920–1952
022 - Studium Słowiańskie 1925–1952
023 - Wydział Rolniczy 1923–1953
024 - Dwuletni Kurs Ogrodnictwa 1924–1939
025 - Wyższy Naukowy Kurs Spółdzielczy 1924–1945
026 - Studium Spółdzielcze 1945–1952
027 - Wydział Farmaceutyczny 1947–1949
028 - Wydział Leśny 1949–1953
029 - Polska Szkoła Nauk Politycznych 1909–1914
030 - Komisja Rządowa Egzaminów Prawniczych 1850–1932
031 - Państwowa Komisja Egzaminacyjna dla Nauczycieli Szkół Średnich 1868–1939
032 - Komisja Egzaminacyjna dla Nauczycieli Gimnastyki w Szkołach Średnich i Seminariach Nauczycielskich w Krakowie 1894–1917
033 - Kurs Naukowy dla Kandydatów na Nauczycieli Gimnastyki w Szkołach Średnich w Krakowie 1895–1914 [1918]
034 - Komisja egzaminacyjna dla Kandydatów na Nauczycieli Rysunków 1905–1921
035 - Komisja Egzaminów Państwowych na Nauczycieli Szkół Średnich 1930–1954
036 - Tymczasowa Komisja Szkolna 1939
037 - Państwowe Kursy Wychowania Fizycznego 1921–1924
038 - Hauptabteilung Wissenschaft und Unterricht 1939–1944
039 - Hochschulkurator 1939–1944
040 - Staatliche Fachkurse Lemberg 1942–1944
041 - Institut für Deutsche Ostarbeit 1941–1944
042 - Komisja do Opracowania Historii UJ w czasie wojny 1943–1946
043 - Uniwersytet w pierwszych miesiącach wojny IX 1939–I 1940
044 - Senat Akademicki 1945–1952/53
045 - Rok Wstępny 1945/46–1947/48
046 - Studium Wstępne 1948/49
047 Kursy Przygotowawcze 1946–1949
048 - Studium Przygotowawcze 1949–1954
049 - Wydział Prawa 1945–1951
050 - Wydział Humanistyczny 1945/46–1950/51
051 - Wydział Filozoficzno-Społeczny 1951/52–1952/53
052 - Sekcja Dziennikarska przy Wydziale Filozoficzno-Społecznym 1950/51–1953/54
053 - Wydział Historyczny 1951/52–1952/53
054 - Wydział Matematyczno-Przyrodniczy 1945/46–1950/51
055 - Wyższa Szkoła Nauk Społecznych 1945–1952
056 - Wydział Biologii i Nauk o Ziemi 1952–1975
057 - Wydział Filologiczny 1952–1975
058 - Wydział Prawa 1952–1973
059 - Studium Zaoczne Wydziału Prawa 1955–1973
060 - Zawodowe Studium Administracyjne 1960–1974
061 - Studium Administracyjne 1963–1973
062 - Wydział Matematyki, Fizyki, Chemii 1952–1975
063 - Wydział Filozoficzno-Historyczny 1952–1975
064 - Akta własne zakładów, katedr i seminariów 1821–2006
065 - Drukarnia UJ 1887–1969
066 - Związek Studentów Polskich
067 - Bratnia Pomoc 1889–1951
068 - Bratnia Pomoc Medyków 1921–1945
069 - Akta własne organizacji studenckich 1881–2004/05
070 - Związek Młodzieży Socjalistycznej 1961–1969
071 - Towarzystwo Asystentów UJ 1937–1951, 1956–1969
072 - Akta Koła PTTK przy UJ 1953–1990
073 - Zrzeszenie Urzędników Pracowników UJ 1927, 1933–1945
074 - Spółdzielnia Spożywców Pracowników Szkół Wyższych
075 - Towarzystwo Przyjaciół Młodzieży Akademickiej 1934–1951
076 - Towarzystwo Przyjaciół Studium Spółdzielczego 1946–1952
077 - Towarzystwo Biblioteki Słuchaczów Prawa UJ
078 - Naukowe Towarzystwo Pedagogiczne 1946–1953
079 - Delegat Ministra Oświaty dla młodzieży szkół wyższych 1948–1952
080 - Sekretariat Rektora 1953–1975
081 - Sekretariat Ogólny 1953–1975
082 - Dział Osobowy 1953–1975
083 - Dział Nauki UJ 1953–1974
084 - Dział Nauczania UJ 1953–1990/91
085 - Dział Planowania 1952–1974
086 - Dział Spraw Bytowych Studentów 1953–1973
087 - Wyjazdy zagraniczne 1953–1975
088 - Dział Administracyjno-Gospodarczy 1953–1973
089 - Dział Współpracy z Zagranicą 1964–2000
090 - Dział Wydawnictw 1957–1972
091 - Dział Wydawnictw 1973/74 –1998
092 - Dział Badań Naukowych UJ 1988–2005
093 - Kwestura UJ 1954–1972
094 - Dział Techniczny 1954–1972
095 - Biblioteka Jagiellońska 1802–2006
096 - Biuro Jubileuszowe 1957–1965
097 - Biuro Jubileuszowe 1998–2000
098 - Związek Nauczycielstwa Polskiego 945–1975, 1984–1986
099 - Biuro Organizacji Imprez
100 - Związek Zawodowy NSZZ Solidarność
101 - Międzywydziałowe Studium Kulturalno-Oświatowe 1966–1977
102 - Podyplomowe Studium Muzeologiczne
103 - Biuro Rektora 1975–2005
104 - Filia Uniwersytetu w Katowicach-kwestura
105 - Instytut Pedagogiczny w Katowicach
106 - Uniwersytet Trzeciego Wieku 1976–1993
107 - Instytut Historii 1975–2007
108 - Instytut Historii Sztuki 1976–1990
109 - Instytut Psychologii 1975–1990
110 - Instytut Religioznawstwa 1985–1990
111 - Instytut Filologii Polskiej Katedra Bibliotekoznawstwa 1978–1990
112 - Instytut Filozofii [1957–1974] 1975–2006
113 - Wydział Filozoficzny UJ 1965–2003
114 - Instytut Muzykologii pr. mgr 1975–1990
115 - Wydział Prawa i Administracji 1975–1992
116 - Wydział Prawa i Administracji UJ 1965, 1968–1992, 1993–2007
117 - Instytut Nauk Politycznych, pr. mgr 1979–1989
118 - Instytut Archeologii UJ 1969–2006
119 - Dział Aparatury Naukowej 1974–2000
120 - Dział Organizacji UJ [1947], 1974 – 2009
121 - Instytut Pedagogiki 1975–2003/04
122 - Wydział Filologiczny. Dziekanat 1924, 1929, 1932, 1936, 1945–1952, 1954–1955, 1960–2005
123 - Instytut Filologii Wschodniosłowiańskiej 1950–2006
124 - Instytut Nauk Geologicznych 1964–2000
125 - Instytut Etnologii 1970–1998
126 - Instytut Filologii Angielskiej [1973] 1975–2005/06
127 - Instytut Filologii Germańskiej 1976–2004
128 - Instytut Filologii Orientalnej (1968) 1975 –2004
129 - Instytut Filologii Klasycznej (1968) 1975 –2004
130 - Instytut Socjologii 1975–2006
131 - Instytut Filologii Romańskiej 1950, 1966–2006/07
132 - Instytut Nauk Geologicznych 1955–2004
133 - Instytut Dziennikarstwa i Komunikacji Społecznej 1995–2006
134 - Wydział Chemii 1975–2004
135 - Instytut Fizyki 1976–1988
136 - Wydział Matematyki i Informatyki Stosowanej
137 - Instytut Matematyki UJ 1975/76–2006/07
138 - Instytut Informatyki UJ (1973)1975–2014
139 - Instytut Geografii pr. mgr 1975–1989
140 - Instytut Biologii 1976–2009
141 - Wydział Biologii i Nauk o Ziemi UJ 1962–2004
142 - Katedra Porównawczych Studiów Cywilizacji WF UJ 1996–2010
143 - Dary i spuścizny
144 - Ośrodek Badań Prasoznawczych
145 - Studium Praktycznej Nauki Języków Obcych UJ 1956/57–2001/02
146 - Muzeum Ogrodu Botanicznego UJ 1974–2007
147 - Indeksy studenckie
148 - Nieodebrane dokumenty osobiste
149 - Samodzielna Sekcja ds. Apatratury Naukowej 1953 (57) –1973
150 - Akta własne Archiwum UJ (1954)–2003
151 - Wydział Historyczny – Dziekanat 1992–2004
152 - Zespół Radców Prawnych UJ 1973–2001
153 - Prace doktorskie z lat 1953–2010 (UJ bez CM)
154 - Ośrodek Jakości i Analizy Kształcenia
155 - Ośrodek Promocji i Informacji UJ
156 - Dziekanat Wydziału Zarządzania i Komunikacji Społecznej
157 - Instytut Spraw Publicznych WZiKS 1997–2008
158 - Biblioteka Wydziału Zarządzania i Komunikacji Społecznej 1967–2008
159 - Dom Gościnny UJ 1993–2004
160 - Tłoki pieczętne poł XVII – ….
161 - Fotografie 1860–2009
162 - Mikrofilmy
163 - Taśmy video
164 - Taśmy magnetofonowe
165 - Plakaty i afisze
166 - Collectio Vojtyliana 1978–1987,1990
167 - "Medale" (okolicznościowe medale i adresy)
168 - "Varia" materiały różne niezwiązane bezpośrednio z UJ
169 - Akta Senatu AM 1950–1993
170 - Wydział Lekarski AM 1950–1993
171 - Oddział Stomatologiczny AM 1950–1993
172 - Wydział Farmaceutyczny AM 1950–1993
173 - Dział Spraw Pracowniczych AM 1950–1993
174 - Wydział Pielęgniarski AM 1975–1992
175 - Dział Nauki AM 1965–1993
176 - Kwestura AM (1950)–1993
177 - Dział Współpracy z zagranicą AM 1982–1993
178 - Dział Socjalno Bytowy CMUJ i AM
179 - Dział Nauczania i Spraw Bytowych Studentów AM 1977–1996
180 - Dział Organizacji i Planowania AM 1950–1983
181 - Dział Dydaktyczno – Naukowy AM 1950–1993
182 - Dział Administracyjny AM 1973–1983;1984–1996
183 - Dział Administracyjno-Gospodarczy CM UJ 1999–2006
184 - Sekcja Administracyjno-Gospodarcza AM 1976–1983
185 - Zakład Remontowo Budowlany AM 1950–1993
186 - Samodzielne Stanowisko (Samodzielna Sekcja) ds. Klinicznych 1950–1993
187 - Zakład Aparatury Naukowej AM 1950–1993
188 - Szkoła Zdrowia Publicznego AM 1950–1993
189 - Biuro Badań Naukowych CM UJ 1999–2005
190 - Instytut Pielęgniarstwa (sekretariat) CMUJ i AM
191 - Zakład Psychologii Zdrowia AM CMUJ
192 - Katedra Dermatologii AM i CM UJ 2008
193 - Katedra i Zakład Anatomii AM i CM UJ
194 - Zakład Higieny i Ekologii AM i CM UJ
195 - Zakład Medycyny Katastrof i Pomocy Doraźnej [Katedra anestezjologii] AM i CM UJ
196 - Instytut i Klinika Neurologii AM i CM UJ [Dyrekcja]
197 - III Katedra Chirurgii Ogólnej AM i CM UJ
198 - Klinika Neurochirurgii AM i CM UJ [Instytut Neurologii]
199 - Katedra Pulmonologii AM i CM UJ
200 - Klinika Neurotraumatologii AM i CM UJ [Instytut Neurologii]
201 Instytut i Katedra Fizjologii AM i CM UJ 1979–2004
202 Katedra i Klinika Otolaryngologii AM i CM UJ 1990–2005
203 Katedra Chorób Wewnętrznych i Gerontologii AM i CM UJ
204 Zakład Chirurgii Stomatologicznej i Samodzielna pracownia Instytutu Stomatologii CM UJ 1996–1998
205 Instytut Biochemii Lekarskiej AM i CM UJ
206 Katedra Farmakodynamiki AM i CM UJ
207 Radca Prawny AM i CM UJ
208 Katedra Technologii Postaci Leku i Biofarmacji AM i CM UJ
209 Katedra i Zakład Toksykologii WFM CM UJ 1999–2006
210 Instytut Zdrowia Publicznego CM UJ 1990–2007 (w tym studia podyplomowe)
211 Dom Studium Podyplomowego AM i CM UJ 1994–2007
212 Dom Towarzystwa Lekarskiego AM i CM UJ
213 I Katedra Chorób Wewnętrznych AM i CM UJ
214 II Katedra Chorób Wewnętrznych AM i CM UJ
215 Zakład Pielęgniarstwa Klinicznego AM i CM UJ
216 III Klinika Chirurgii CM UJ
217 Zakład Pielęgniarstwa Środowiskowego AM i CM UJ
218 Zakład Filozofii i Bioetyki
219 Zakład Pielęgniarstwa Internistycznego i Środowiskowego IPiP WOZ CMUJ 1978–1995, 1997–1999
220 - Inspektorat BHP i Ochrony Przeciwpożarowej CMUJ i AM 1987–2006
221 - Katedra i klinika Gastroenterologii AM CMUJ
222 - Akta Biura Prorektora CM UJ i Rektora AM 1966–2008
223 - Katedra Epidemiologii i Medycyny Zapobiegawczej AM i CMUJ
224 - Instytut i Katedra Mikrobiologii CM UJ 1993–2005
225 - Medyczne Centrum Kształcenia Podyplomowego AM i CMUJ 1978–2008
226 - Wydział Farmaceutyczny CM; Dziekanat WF CMUJ + Oddział Analityki Medycznej CMUJ 1993–2006
227 - Wydział Pielęgniarski CMUJ 1993-…
228 - Wydział Ochrony Zdrowia CM UJ 1997–2006
229 - Zarząd Inwestycji CM UJ 1967–2001
230 - Dział Spraw Osobowych CM UJ 1993-…
231 - Sekcja Płac Dział Spraw Osobowych AM i CM UJ 1970–2009
232 - Dział Integracji Europejskiej i Współpracy Międzynarodowej CM UJ 1997–2006
233 - Dział Nauki i Współpracy z Zagranicą CM UJ 1997–1998
234 - Dział Nauki CM UJ 1993–1996
235 - Dział Współpracy z zagranicą CM UJ 1993–1996
236 - Samodzielne Stanowisko ds. klinicznych CM UJ 1993-…
237 - Dział Kliniczny AM i CMUJ 1973–2009
238 - Kwestura CM UJ 1993–2004
239 - Wydział Lekarski CM UJ 1993–2008
240 - Szkoła Medyczna dla Obcokrajowców CM UJ 1993–2000
241 - Jagiellońskie Centrum Językowe: akta po Studium Praktycznej Nauki Języków AM i CM UJ: arkusze studenckie, registratura 1968–1999
242 - Dział Badań Naukowych i Funduszy Strukturalnych CM UJ –1992–2006
243 - Dział Finansowo – Księgowy CM UJ 1992–2007
244 - Dział ds. Aparatury AM i CM UJ 1990–2003
245 - Katedra Psychiatrii AM i CMUJ [1917] 1969; 1977–2006, 2008–2009
246 - Katedra i Klinika Onkologii AM i CM UJ 1986–1988, 1990–1994, 1996–2006
247 - Zakład Reumatologii i Balneologii CM UJ 1993–2007
248 - Dział Wewnętrznej Kontroli Gospodarczej AM 1967–1994
249 - Instytut Pediatrii AM 1970–1971
250 - Katedra Farmakodynamiki. Pracownia badań farmakologicznych
251 - Zespół pieczątek AM i CM UJ
252 - Komisja Etyczna ds. Badań Klinicznych AM
253 - Komisja Etyczna ds. Badań Klinicznych CM UJ
254 - Instytut Rosji i Europy Wschodniej UJ
255 - Wydział Bochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ 2002–
256 - Instytut Judaistyki UJ 2012–
257 - Instytut Filologii Słowiańskiej UJ
258 - Wydział Studiów Międzynarodowych i Politycznych UJ 2002–
259 - Instytut Amerykanistyki I Studiów Polonijnych UJ 2004–
260 - Instytut Ekonomii, Finansów i Zarządzania UJ
261 - Obserwatorium Astronomiczne UJ 1826–1973
262 - Instytut Botaniki UJ
263 - Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej UJ 2014–
264 - Instytut Informatyki Analitycznej UJ 2019–
265 - Instytut Językoznawstwa, Przekładoznawstwa i Hungarystyki UJ 2013–