001 - Dyplomy pergaminowe 1274–1938 (sygn. Dypl. perg. 1-801)
002 - Rękopisy XV–XVIII w. (sygn. Rkps. 1-456)
003 - Akta papierowe XV–XVIII w. (sygn. Akta pap. 1-507)
004 - Senat i władze nadrzędne UJ 1796–1849 (sygn. S I 1-752)
005 - Wydział Teologiczny 1803–1849 (sygn. WT I 1-31)
006 - Wydział Prawa 1803–1849 (sygn. sygn. WP I 1-70)
007 - Wydział Lekarski 1803–1849 (sygn. WL I 1-107)
008 - Wydział Filozoficzny 1805–1849 (sygn. WF I 1-93)
009 - Senat Akademicki 1849–1939 (sygn. S II 1-1471)
010 - Wydział Teologiczny 1850–1954 (sygn. WT II 1-293)
011 - Wydział Prawa 1849–1939 (sygn. WP II 1-569)
012 - Szkoła Nauk Politycznych 1920–1949 (sygn. SNP 1-41)
013 - Wydział Lekarski 1849–1949 (sygn. WL II 1-625)
014 - Komisja Kliniczna (1885) 1906–1949 (sygn. KK 1-11)
015 - Kuratorium Zakładów Leczniczych (1915) 1921–1949 (sygn. KZL 1-35)
016 - Studium Wychowania Fizycznego 1927–1949 (sygn. SWF 1-83)
017 - Wydział Filozoficzny 1849–1945 (sygn. WF II 1-548)
018 - Oddział Farmaceutyczny 1920–1947 (sygn. OFm 1-82)
019 - Komisja Magisterska 1927–1952 (sygn. KM 1-128)
020 - Studium Rolnicze 1890–1923 (sygn. SR 1-95)
021 - Studium Pedagogiczne 1920–1952 (sygn. SP 1-48)
022 - Studium Słowiańskie 1925–1952 (sygn. SSł 1-15)
023 - Wydział Rolniczy 1923–1953 (sygn. WR 1-200)
024 - Dwuletni Kurs Ogrodnictwa 1924–1939 (sygn. KO 1-29)
025 - Wyższy Naukowy Kurs Spółdzielczy 1924–1945 (sygn. WNKS 1-40)
026 - Studium Spółdzielcze 1945–1952 (sygn. SSp 1-83)
027 - Wydział Farmaceutyczny 1947–1949 (sygn. WFm 1-45)
028 - Wydział Leśny 1949–1953 (sygn. WLn 1-32)
029 - Polska Szkoła Nauk Politycznych 1909–1914 (sygn. PSNP 1-5)
030 - Komisja Rządowa Egzaminów Prawniczych 1850–1932 (sygn. KREP 1-53)
031 - Państwowa Komisja Egzaminacyjna dla Nauczycieli Szkół Średnich 1868–1939 (sygn. PKEN 1-52)
032 - Komisja Egzaminacyjna dla Nauczycieli Gimnastyki w Szkołach Średnich i Seminariach Nauczycielskich w Krakowie 1894–1917 (sygn. KENG 1-3)
033 - Kurs Naukowy dla Kandydatów na Nauczycieli Gimnastyki w Szkołach Średnich w Krakowie 1895–1914 [1918] (sygn. KNG 1-7)
034 - Komisja egzaminacyjna dla Kandydatów na Nauczycieli Rysunków 1905–1921 (sygn. KENR 1-3)
035 - Komisja Egzaminów Państwowych na Nauczycieli Szkół Średnich 1930–1954 (sygn. KEPN 1-19)
036 - Tymczasowa Komisja Szkolna 1939 (sygn. TKS 1-5)
037 - Państwowe Kursy Wychowania Fizycznego 1921–1924 (sygn. PKWF 1-7)
038 - Hauptabteilung Wissenschaft und Unterricht 1939–1944 (sygn. HWU 1-146)
039 - Hochschulkurator 1939–1944 (sygn. HSK 1-62)
040 - Staatliche Fachkurse Lemberg 1942–1944 (sygn. FL 1-131)
041 - Institut für Deutsche Ostarbeit 1941–1944 (sygn. DO 1-118)
042 - Komisja do Opracowania Historii UJ w czasie wojny 1943–1946 (sygn. KHUW 1-31)
043 - Uniwersytet w pierwszych miesiącach wojny IX 1939–I 1940 (sygn. S II O 1-6)
044 - Senat Akademicki 1945–1952/53 (sygn. S III 1-888)
045 - Rok Wstępny 1945/46–1947/48 (sygn. RWst 1-29)
046 - Studium Wstępne 1948/49 (sygn. StWst 1-37)
047 Kursy Przygotowawcze 1946–1949 (sygn. KPrz 1-46)
048 - Studium Przygotowawcze 1949–1954 (sygn. SPrz 1-87)
049 - Wydział Prawa 1945–1951 (sygn. WP III 1-208)
050 - Wydział Humanistyczny 1945/46–1950/51 (sygn. WHm 1-205)
051 - Wydział Filozoficzno-Społeczny 1951/52–1952/53 (sygn. WFS 1-66)
052 - Sekcja Dziennikarska przy Wydziale Filozoficzno-Społecznym 1950/51–1953/54 (sygn. SD 1-48)
053 - Wydział Historyczny 1951/52–1952/53 (sygn. WHs 1-97)
054 - Wydział Matematyczno-Przyrodniczy 1945/46–1950/51 (sygn. WMP 1-178)
055 - Wyższa Szkoła Nauk Społecznych 1945–1952 (sygn. WSNS 1-138)
056 - Wydział Biologii i Nauk o Ziemi 1952–1975 (sygn. WBiNoZ 1-180)
057 - Wydział Filologiczny 1952–1975 (sygn. WFlg 1-165)
058 - Wydział Prawa 1952–1973 (sygn. WP IV 1-163)
059 - Studium Zaoczne Wydziału Prawa 1955–1973 (sygn. SZWP 1-65)
060 - Zawodowe Studium Administracyjne 1960–1974 (sygn. SA 1-18)
061 - Studium Administracyjne 1963–1973 (sygn. SA 1-18)
062 - Wydział Matematyki, Fizyki, Chemii 1952–1975 (sygn. MFC 1-275)
063 - Wydział Filozoficzno-Historyczny 1952–1975 (sygn. WFH 1-271)
065 - Drukarnia UJ 1887–1969 (sygn. DUJ 1-267)
067 - Bratnia Pomoc 1889–1951 (sygn. BP 1-197)
068 - Bratnia Pomoc Medyków 1921–1945 (sygn. BPM 1-21)
071 - Towarzystwo Asystentów UJ 1937–1951, 1956–1969 (sygn. TAUJ 1-10)
072 - Polskie Towarzystwo Turystyczno-Krajoznawcze Koło nr 35 przy UJ 1953–1990 (sygn. PTTK 1-7)
073 - Zrzeszenie Urzędników Pracowników UJ 1927, 1933–1945 (sygn. ZUUJ 1)
075 - Towarzystwo Przyjaciół Młodzieży Akademickiej 1934–1951 (sygn. TPMA 1-34)
076 - Towarzystwo Przyjaciół Studium Spółdzielczego 1946–1952 (sygn. SSp 1-83)
079 - Delegat Ministra Oświaty dla młodzieży szkół wyższych 1948–1952 (sygn. Del 1-30)
080 - Sekretariat Rektora 1953–1975 (sygn. R 1-44)
081 - Sekretariat Ogólny 1953–1975 (sygn. SOg 1-49)
082 - Dział Osobowy 1953–1975 (sygn. DOs 1-49)
083 - Dział Nauki UJ 1953–1974 (sygn. DN 1-155)
086 - Dział Spraw Bytowych Studentów 1953–1973 (sygn. C IV 1-24)
088 - Dział Administracyjno-Gospodarczy 1953–1973 (sygn. DAG 1-23,
dawna sygn. S IV DAG)
089 - Dział Współpracy z Zagranicą 1963–1980 (sygn. WZ 1-53)
090 - Dział Wydawnictw 1957–1972 (sygn. Wd 1-92)
091 - Dział Wydawnictw 1973/74 –1998 (sygn. DW 1-36)
092 - Dział Badań Naukowych UJ 1988–2005 (sygn. BBN 1-98)
093 - Kwestura UJ 1954–1972 (sygn. Kw 1-85)
094 - Dział Techniczny 1954–1972 (sygn. H 1-H LXXXIV, dawna sygn. S IV H)
096 - Biuro Jubileuszowe 1957–1965 (sygn. Jub 1-118)
103 - Biuro Rektora 1975–2005 (sygn. BR 1-353)
106 - Uniwersytet Trzeciego Wieku 1976–1993 (sygn. UWT 1-26)
120 - Dział Organizacji UJ [1947], 1974 – 2009 (sygn. DO 1-82)
123 - Instytut Filologii Wschodniosłowiańskiej 1950–2006 (sygn. IFW 1-98)
124 - Instytut Nauk Geologicznych 1964–2000 (sygn. ING 1-31)
137 - Instytut Matematyki UJ 1975/76–2006/07 (sygn. IM 1-224)
143 - Dary i spuścizny (sygn. Sp. 1-248)
150 - Akta własne Archiwum UJ (1954)–2003 (sygn. Arch. I 1-46)
261 - Obserwatorium Astronomiczne UJ 1826–1973 (sygn. OA 1-84)