W 2011 r. dzięki inicjatywie prof. Helmuta G. Walthera i dra Stephana Flemmiga z Friedrich-Schiller-Universität w Jenie oraz prof. Krzysztofa Stopki, ówczesnego dyrektora Archiwum UJ, została nawiązana współpraca naukowa między obu instytucjami.

Jej efektem była niemiecko-polsko-czeska konferencja naukowa, która odbyła się w dniach 4–6.10.2011 r. w Jenie. Tematem była pobożność miejska i uniwersytecka w późnym średniowieczu („Spätmittelalterliche Frömmigkeit in Stadt und Universität. Forschungsstand, Methoden und Impulse für neue Fragestellungen"). W skład polskiej grupy wchodzili Profesorowie Krzysztof Stopka i Krzysztof Ożóg, obecny dyrektor Archiwum UJ, oraz trzech pracowników Oddziału Badań Dziejów UJ: mgr Marcin Baster, dr Dagmara Wójcik-Zega i dr Maciej Zdanek, którzy przygotowali następujące wystąpienia: „Die spätmittelalterliche Frömmigkeit in Polen – Zum Forschungsstand" (K. Ożóg); „Die Frömmigkeit der Professoren und Studenten in den korporativen Gemeinschaften der Krakauer Universität" (M. Baster, D. Wójcik-Zega); „Die Beziehungen zwischen den Orden und der Krakauer Universität im 15. Jahrhundert" (M. Zdanek). Obecnie zakończyły się prace redakcyjne nad tomem pokonferencyjnym, który ukaże się w 2013 r. Wspólne prace badawcze nad dziejami uniwersytetów w Europie środkowej mają być kontynuowane w cyklu corocznych konferencji.