Napięcia między katolikami a ewangelikami w XVI w. ogarnęły także Uniwersytet Krakowski. Profesorowie w znakomitej większości opowiedzieli się za katolicyzmem.

Profesorowie w znakomitej większości opowiedzieli się za katolicyzmem. Wraz z doktrynalnym zdefiniowaniem wyznań i zaostrzeniem wzajemnych stosunków kończył się czas poszukiwań światopoglądowych, a także różnorodnych kontaktów między ludźmi wybierającymi przeciwne wyznania. Decydujące znaczenie miały w tym względzie dekrety soboru trydenckiego.  Konfesjonalizacja katolicka Uniwersytetu Krakowskiego, która była zresztą potwierdzeniem jego dziedzictwa, dorobku filozoficzno-teologicznego i wcześniejszych wyborów, nabrała rozpędu od lat 70. XVI w. Negatywnym elementem tego procesu było rozbudzenie nie tylko emocjonalnych i coraz bardziej nieprzyjaznych polemik z protestantami, ale też wybuchy rozruchów antyprotestanckich w Krakowie. Żywy udział brali w nich studenci, tyleż z powodu swych w większości katolickich przekonań, co i dla wyzyskania znakomitej okazji do wyżycia się, rozboju, agresji i złodziejstwa, maskowanych szczytnymi ideałami walki o „prawdziwą wiarę”.  Tego typu tumulty wybuchły w 1574, 1577, 1587 i 1588 r. Celem ataków studentów, do których dołączał motłoch,  przestępcy i różnej maści poszukiwacze wrażeń, były zbory i cmentarze protestanckie. Zbór ewangelicki służący luteranom i kalwinom znajdował się przy ul. św. Jana. Został otwarty w 1572 r. i był zwany brogiem (ponieważ jego wysoki dach przypominał ową konstrukcję  chroniącą siano lub zboże). Funkcje zboru ariańskiego pełniła kamienica Stanisława Cikowskiego na rogu Szpitalnej i św. Tomasza. Cmentarz ewangelicki znajdował się zaś za bramą Mikołajską na Wesołej.

Władze rektorskie nie były konsekwentne w reagowaniu na te ekscesy. W XVI w. narastał brak dyscypliny wśród studentów i powtarzały się nieustannie burdy w mieście i na uczelni – rektorzy nie potrafili okiełznać młodzieży. Gdy ten żywioł kierował się przeciw protestantom, znajdowano łatwo usprawiedliwienie, a kary były często symboliczne. Ta względna bezkarność rozzuchwalała napastników. 23 maja 1591 r. w święto Wniebowstąpienia Pańskiego, miał miejsce największy tumult, którego efektem było ostateczne zniszczenie zborów protestanckich w mieście. Po mszy św. tłum z kukłą Judasza ruszył pod Bróg. Tworzyli  go „studenci swawolni i hultajstwo”, „chłopięta, hultajstwo i woźnice” albo „gnojniki i żaczęta”, co oznacza, że wśród nich byli zarówno studenci, jak i uczniowie szkół parafialnych. Straż miejską odpędzono kamieniami i rozpoczęto atak. Podobno w tłumie znaleźli się profesorowie próbujący odciągać scholarów. Tłum rozwścieczyła zbrojna kontrakcja kasztelana Jana Zborowskiego, luteranina, który bronił zboru. Gdy zawiadomiono króla Zygmunta III Wazę, przebywającego wówczas na zamku wawelskim, że w mieście zaczynają się rozruchy, wysłał on najpierw mały oddział wojska pod wodzą marszałka litewskiego Stanisława Radziwiłła, a gdy ci zostali odparci (pomyłkowo zresztą mieli zaatakować straż miejską), dał zgodę na użycie siły przez kasztelana krakowskiego Seweryna Bonera i wojewodę Janusza Zbaraskiego. Tłum, został rozpędzony. Było 6 ofiar śmiertelnych.

Jednak nocą 23/24 maja, w akcie zemsty, napastnicy zgromadzili się ponownie, spalili doszczętnie Bróg oraz rozpoczęli demolowanie i rozbiórkę zboru ariańskiego, a następnie zniszczyli mur i zbeszcześcili groby na cmentarzu ewangelickim. Szaleństwa te przeciągnęły się do 26 maja. Powstrzymała je dopiero straż marszałkowska. Zborów już nie odbudowano. Rozżalona protestancka szlachta zarzucała królowi, że reagował zbyt powoli i w gruncie rzeczy dopuścił do ekscesów; co najmniej miesiąc wcześniej rozchodziły się bowiem pogłoski o szykowanej napaści i króla o nich informowano. Kwestię ukarania sprawców debatowano na sejmikach bez efektu. Władze miejskie schwytały zaledwie kilku złodziei. Ówczesny rektor, skądinąd wybitny teolog Marcin Glicjusz z Pilzna, nabrał wody w usta. W księdze sądu rektorskiego z tego czasu nie ma najmniejszego śladu o ukaraniu uczestników haniebnych zajść. Prezentował zatem podejście wspólne całemu obozowi katolickiemu, wyrażane przez przedstawicieli episkopatu czy jezuitów, że protestanci sami byli sobie winni, bo prowokowali i zaatakowali „niewinnie igrające dziecięta”. Nie przyczyniało to Uniwersytetowi dobrej sławy i pozostaje jedną z ciemnych kart jego historii.     

Zdj. Zburzenie Brogu przez tłum podczas tumultu krakowskiego w 1591 r. Ilustracja XIX-wieczna na podstawie XVI-wiecznego drzeworytu (źródło: wikipedia).