Zwyczaj wyróżnienia osób zasłużonych godnością doktora honorowego sięga w UJ początku XIX w. Wychodząc naprzeciw propozycjom samych władz i profesorów krakowskiej uczelni, Komisja Organizacyjna Rzeczypospolitej Krakowskiej uchwaliła 12 VIII 1817 r. w „Wewnętrznym Urządzeniu Szkoły Głównej Krakowskiej”

HONORIS CAUSA DOCTOREM PHILOSOPHIAE

SOLLEMINTER PRONUNTIAVIMUS

IN EIUSQUE REI FIDEM HASCE

LITTERAS UNIVERSITATIS SIGILLO

SANCIENDAS CURAVIMUS

Zechciej Pan przyjąć godność

doktora filozofii honoris causa, którą Mu ofiarujemy;

zechciej ją Pan poczytywać za dowód naszego uszanowania,

naszej wdzięczności i naszego podziwu.

Zwyczaj wyróżnienia osób zasłużonych godnością doktora honorowego sięga w UJ początku XIX w. Wychodząc naprzeciw propozycjom samych władz i profesorów krakowskiej uczelni, Komisja Organizacyjna Rzeczypospolitej Krakowskiej uchwaliła 12 VIII 1817 r. w „Wewnętrznym Urządzeniu Szkoły Głównej Krakowskiej” (zatwierdzonym i ogłoszonym drukiem w 1818 r.) taki oto zapis w paragrafie 132: „uczeni cudzoziemscy szczególnej sławy lub znaczni protektorowie i dobrodzieje Szkoły Głównej mogą uzyskać stopień doktora bez oddzielnego egzaminu i dysertacji”. Zmienione w 1833 r. „Wewnętrzne Urządzenie…”, załączone do „Statutu Organicznego UJ” zwanego komisarskim, określiło ten doktorat explicite honorowym. W paragrafie 71 wyraźnie stwierdzano, że „[…] sławni zagraniczni uczeni, szczególniejsi dobroczyńcy lub znakomici protektorowie Uniwersytetu, mogą bez tych wszystkich formalności otrzymać dyplom honorowy na honorowego doktora. Tego rodzaju dyplomy nie dają prawa żądania przywilejów do rzeczywistego stopnia doktora przywiązanych”. Powyższe regulacje obowiązywały aż do 1851 r. – mimo że Kraków znajdował się w granicach monarchii Habsburgów już od listopada 1846 r. – kiedy to wiedeńskie Ministerstwo Wyznań i Oświaty zwróciło władzom uczelni uwagę, że w myśl obowiązującego dekretu Nadwornej Komisji Studiów z 27 XII 1819 r. zgodę na wyróżnienie doktorskim laurem honorowym może wyrazić tylko cesarz (za pośrednictwem rzeczonego Ministerstwa). W niepodległej Polsce szkoły akademickie, uzyskawszy szeroki samorząd, przyznany im ustawą z 13 VII 1920 r., otrzymały prawo nadawania doktoratów honorowych. O zgodę na wyróżnienie kandydata za zasługi położone dla dobra kraju i narodu polskiego bądź też szkoły akademickiej, zwracano się do ministra wyznań religijnych i oświecenia publicznego. Natomiast przyznając doktorat honoris causa za osiągnięcia naukowe, uczelnia nie musiała zabiegać o jego zatwierdzenie, gdyż zgodnie z obowiązującą od połowy XIX w. zasadą, szkoły akademickie posiadały całkowitą niezależność w kwestiach naukowych. Postanowień tych nie zmieniono w ustawie akademickiej z 15 III 1933 r. Mimo, że o wyróżnienie wnioskowały poszczególne rady wydziałowe, to tytuł honorowy przyznawał Senat Akademicki.

Na posiedzeniu 12 III 1920 r., Kolegium Profesorów Wydziału Prawa na wniosek Stanisława Wróblewskiego jednomyślnie uchwaliło, aby przedstawić Senatowi Akademickiemu UJ Józefa Piłsudskiego jako kandydata do godności doktora praw honoris causa. Historia lubi płatać figle i dziwnie wiązać ludzkie losy. We wniosku, który dziekan Wydziału Prawa, Władysław Leopold Jaworski – były prezes i wiceprezes Naczelnego Komitetu Narodowego – przedłożył Senatowi Akademickiemu, czytamy:

"Czem Józef Piłsudski jest dla Narodu, czuje każdy z nas, bo czuje każdy Polak. Pamiętamy wszyscy, jak czekaliśmy jego powrotu z niewoli i jak cudownie spadły z nas ostatnie pęta, skoro on wstąpił znów na ziemię ojczystą. Przypatrywaliśmy się wszyscy z najwyższym podziwem, jak wśród najcięższych warunków nie tracił ani na chwilę niezłomnej wiary w lepszą przyszłość i rozumieliśmy, że taką niewzruszoną otuchę mieć mógł tylko ten, który żył w wolnej Polsce już wtedy, kiedy żyć w niej można było tylko marzeniem. Widzieliśmy jak niestrudzoną jego pracą powstało wojsko polskie, któremu dał początek w czasach niewoli, a które dziś jest naszą dumą i rękojmią naszego bytu. Na pamiętnym posiedzeniu Sejmu Polskiego w dniu 4 II 1919 r. otrzymaliśmy dowód, jak głęboko ten żołnierz z umiłowania i zawodu wczuł się w ducha naszych dziejów, kiedy oświadczył, że na to przejął władzę w ręce, by wolną Polskę oddać pod rządy prawa. Wnoszę przeto by Senat Akademicki Uniwersytetu Jagiellońskiego zatwierdził jednomyślną uchwałę Wydziału Prawa o nadanie Józefowi Piłsudskiemu doktoratu honoris causa i by dał przez to świadectwo, że uczucia całego Narodu dzielą ci, których zawodowa praca przyzwyczaiła do trzeźwej i beznamiętnej oceny biegu wypadków".

Dnia 22 III 1920 r. wniosek został jednomyślnie uchwalony przez Senat Akademicki. Kwestię odbioru wyróżnienia omawiano na linii Uniwersytet-adiutant Marszałka. Był nim wówczas Bolesław Wieniawa-Długoszowski, który zawiadomił UJ, że Naczelnik Państwa może zatrzymać się w Krakowie na kilka godzin w połowie marca 1921 r., w drodze do Tarnopola. Uroczystość ta mogłaby zostać połączona z wmurowaniem kamienia węgielnego pod budynek Kliniki Ginekologicznej, o co swego czasu prosił Marszałka Aleksander Rosner. Wyjazd Józefa Piłsudskiego na południe przesunął się o miesiąc. Zaplanowano go ostatecznie na 28 IV 1921 r. Na dyplomie honorowym Marszałka napisano między innymi:

"Obywatela miłością Ojczyzny najgoręcej płonącego, który przewidział chwilę opadnięcia z Ojczyzny kajdanów, kiedy już wówczas żył myślą w wolnej Polsce i dla jej dobra i szczęścia snuł plany. Wyswobodziciela, który tęsknie wyczekiwany, wrócił nareszcie, od wrogów i jednym wstrząśnieniem ręki zrzucił z rodaków cudem jakoby ostatnie pęta. Bohatera, który potem w najcięższych warunkach stworzył niestrudzoną pracą Wojsko Polskie, chlubę Narodu i ostoję jego bytu, a na jego czele wskrzesił dla Polski czasy Bolesławów i Batorych. Męża, który choć żołnierz z umiłowania i zawodu, najgłębiej wczuł się w ducha naszych dziejów, kiedy na pamiętnym posiedzeniu Sejmu Polskiego dnia 20 II 1919 r. oświadczył, że na to przyjął władzę, aby wolną Polskę oddał pod rządy prawa. Aby miał dowód, że uczucia całego Narodu dla Niego dzielą ci, których zawodowa praca nauczyła trzeźwo i beznamiętnie oceniać bieg historii (zob. kopia dyplomu J. Piłsudskiego)".

Uroczystość wręczenia honorowego doktoratu Józefowi Piłsudskiemu tak zapamiętał Władysław Konopczyński. Głos zabrał m.in. Stanisław Szeptycki, który stwierdził „głupio”, jaki to wieli zaszczyt dla uczelni „[…] mieć takiego docenta”. Stanisław Estreicher przemówił w tonie „przy Tobie stoimy; stańczyki rechotały z zachwytu”. Po zamachu majowym 1926 r. dało się słyszeć głosy postulujące do UJ o odebranie tego wyróżnienia Jozefowi Piłsudskiemu jako „notorycznemu spiskowcowi”.

Doktorat honorowy, jako najważniejsze wyróżnienie jakie nadać może uniwersytet przyznawany był danej osobie tylko na wniosek jednego wydziału. Od tej zasady w dziejach UJ są dwa jakże chlubne wyjątki. Pierwszy raz w dziejach krakowskiej uczelni doktorat honorowy medycyny i filozofii otrzymała dwukrotna laureatka nagród Nobla (w dziedzinie fizyki i chemii) – Maria Skłodowska-Curie. Te dwa wyróżnienia na wniosek fakultetu medycznego oraz filozoficznego noszą datę 25 II 1924 r. (zob. dwie kopie dyplomów M. Skłodowskiej-Curie). Drugim wyjątkiem, idącym jeszcze dalej i niemającym precedensu, było wyróżnienie doktoratem honorowym na wniosek wszystkich wydziałów UJ papieża Jana Pawła II. Dnia 12 IV 1983 r., do Senatu Akademickiego wpłynął wniosek Rady Wydział u Prawa i Administracji UJ w sprawie nadania Janowi Pawłowi II doktoratu honoris causa z inicjatywy wszystkich wydziałów. W kolejnych dniach wpływały wnioski kolejnych fakultetów. Po przeprowadzeniu przewidzianej prawem procedury – opinie wyrazili Aleksander Gieysztor z Uniwersytetu w Warszawie i Jarosław Maciejewski z Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu – i Senat Akademicki UJ podjął uchwałę w sprawie nadania wyróżnienia 12 V 1983 r. Podczas drugiej pielgrzymki do Polski – 22 VI 1983 r. – Jan Paweł II otrzymał doktorat honoris causa UJ na mocy powyższej uchwały podjętej na wniosek wszystkich rad wydziałów. Uroczystość odbyła się w Collegium Maius, a ówczesny rektor Józef Andrzej Gierowski powiedział m.in.:

"Jak matka szczycąca się triumfem syna, tak pragnęła i nasza Alma Mater uczcić wielkość tego, który będąc jej magistrem, doktorem i docentem powołany został na biskupa Rzymu. Uniwersytet nie rozporządza innym sposobem wyrażania swego uznania i swych uczuć, jak nadanie doktoratu honorowego. Zgodnie z powszechnym odczuciem, nasza społeczność akademicka uznała, że w tym przypadku musi on mieć charakter wyjątkowy – doktoratu wszech nauk Uniwersytetu Jagiellońskiego (zob. kopia dyplomu Jana Pawła II)".