Owo słynne wydarzenie z dziejów Uniwersytetu Krakowskiego – „rozprószenie żaków” wedle określenia Antoniego Karbowiaka – miało przedziwne przyczyny.

Wieczorem 14 V 1549 r. przy cmentarzu kolegiaty Wszystkich Świętych (dziś nieistniejącej) w Krakowie,  scholarzy ze szkoły tegoż kościoła i studenci napastowali i wyzywali dwie kobiety lekkich obyczajów: Juliannę Cianowską i Reginę Strzelimusównę. Posypały się dwuznaczne żarty, że Julianna idzie do prepozyta kolegiaty i kanonika krakowskiego Andrzeja Czarnkowskiego (1507-1562). Julianna pobiegła na probostwo ze skargą. Czarnkowski był nieobecny. Jego służba ruszyła przeciwko scholarom i zapędziła żartownisiów aż do szkoły. Tam w trakcie bójki zginął student  Jerzy z Pienian, siedmiu innych zostało zranionych.

Wzburzeni scholarzy oskarżyli prepozyta o rozkaz napaści. Nie cieszył się on zresztą dobrą opinią; pomijając nawet  zarzuty obyczajowe o łamanie celibatu, raziło jego kolekcjonowanie beneficjów kościelnych, bogactwo i dworski tryb życia oraz magnacka duma. 15 V zwłoki zabitego noszono po ulicach Krakowa demonstrując jako niewinną ofiarę. Rektor Mikołaj z Szadka wysłuchał skarg, ale nie podjął interwencji, co było dużym błędem wobec narastających emocji tłumu. Studenci poszli na Wawel do króla Zygmunta Augusta ze skargą. Zostali przyjęci dopiero 16 V i skarceni za awanturnictwo. Król odesłał sprawę do sądu biskupiego. Było to zgodne z zasadami sądownictwa uniwersyteckiego, wedle którego w sprawach powszednich wyrokował sąd rektorski, a w sprawach ciężkich, w tym zabójstwa, sąd wedle przynależności stanowej. Ponieważ zaś studenci mieli status kleryków – właściwy był sąd biskupa krakowskiego. Istotnie w konsystorzu w dniach 17-18 V rozpoczęto procedowanie, w tym przesłuchiwanie świadków. Jednak studenci odmówili udziału, oskarżając biskupa o stronniczość. Istotnie biskup Samuel Maciejowski, skądinąd powszechnie szanowany dostojnik i wybitny mąż stanu, prowadził proces tak, aby Czarnkowski mógł udowodnić swą oczywistą niewinność, a tym samym osłonić od odpowiedzialności swoje sługi. Studenci szybko zorientowali się w tej grze. Pobudzenie było ogromne, zwłaszcza że czuli się pogardliwie traktowani. 26 V uczniowie ze szkół przy kościołach św. Anny i Mariackiego obrzucili kamieniami jadącego konno prepozyta Czarnkowskiego i jego orszak. Wywiązała się szamotanina ze strażą miejską. Jeden ze studentów został schwytany, uwięziony i torturowany na ratuszu. Było to złamanie immunitetu uniwersyteckiego. Wybuchło oburzenie. Studenci i uczniowie szkół w proteście przeciw łamaniu swobód uczelni uchwalili zaprzestać udziału w śpiewanej liturgii kościelnej, która była ich obowiązkiem, oraz opuścić Kraków. Uchwalono termin secesji na 4 VI. Część młodzieży wyszła już 1 VI.

W dniu 3 VI król wydał ostry mandat, w którym pod karą śmierci nakazał wstrzymać się od tych działań oraz zwołał zebranie, aby sprawę wyjaśnić przed swoimi doradcami. Zebrano się w kościele franciszkanów. Przemówienie hetmana i kasztelana krakowskiego Jana Tarnowskiego uspokoiło nastroje. Jednak słowa biskupa Maciejowskiego, który zaczął od opisywania dokonanego zabójstwa, wbrew mówcy wznowiły emocje. Zgromadzenie zakończyło się fiaskiem. W efekcie 4 VI po porannej mszy w kolegiacie św. Floriana w Kleparzu duża grupa młodzieży opuściła miasto, śpiewając pieśń „Ite in orbem universum” (Idźcie na cały świat). Celem wędrówki miały być uczelnie zagraniczne, m.in. w Niemczech. 15 VI król wydał mandat, w którym zachęcał pozostałą w Krakowie młodzież, aby wróciła do obowiązków szkolnych i liturgicznych. Zapewniał im swoją protekcję, co oznacza, że wśród samych studentów i uczniów panował podział i wzajemne oskarżenia.

Ostatecznie rebelianci w większości doszli do wsi podkrakowskich i wkrótce wrócili. Z więzienia wypuszczono uczniów uczestniczących w bójce na cmentarzu i służbę Czarnkowskiego, a on sam został uniewinniony przez sąd konsystorski 13 IX 1549 r. i w 1550 r. dopełnił koniecznych procedur oczyszczenia z winy; jego kariera rozwijała się znakomicie, w 1553 r. został biskupem poznańskim. Źle skończyły natomiast obie prostytutki, za którymi ujęli się kiedyś słudzy kanonika. Obie zostały skazane na śmierć, ponieważ z namowy Julianny Regina zamordowała swoją matkę, która krytykowała jej życie. Karą było zaszycie w skórzanych workach i utopienie w Wiśle.

Dramatycznie opisywał secesję Stanisław Orzechowski: „Starzy zgadzają się nadto, że się nic żałośniejszego za ludzkiej pamięci nie trafiło w Polsce. Ucichły szkoły, w żalu zostały kolegia, umilkły świątynie i wszystkie miasta strony trapiły się na ich odejście, i jednego bowiem podobno z owego mnóstwa nie zostało, coby albo kapłanowi w kościele do mszy służył, albo w akademii i w szkołach pod nauczycielem czego słuchał”. Z tego powodu secesja dawniej przedstawiana była jako swego rodzaju cezura w dziejach Uniwersytetu Krakowskiego, symboliczny koniec jego świetności. Wydarzenie to bardzo oddziaływało na wyobraźnię. W literaturze utrwalił je  Józef Ignacy Kraszewski w opowiadaniu „Żacy krakowscy w r. 1549. Prosta kronika spisana” (1845), a w malarstwie Jan Matejko (1892). Jednak dokładne badania źródłowe podjęte przez Antoniego Karbowiaka, Włodzimierza Budkę i Henryka Barycza obaliły tę tezę. Exodus studentów był ciekawym nawiązaniem do średniowiecznej tradycji walki uniwersytetów o swoje prawa za pomocą strajków szkolnych i opuszczania miast.

W Krakowie jednak nie miał żadnych skutków ustrojowych. Nie wpłynął też długofalowo na frekwencję i funkcjonowanie uczelni. Był widowiskowym ekscesem w długim ciągu tumultów i zaburzeń wywoływanych przez studentów, których dyscyplina uległa tragicznemu rozprzężeniu w epoce renesansu i pogłębił tylko negatywną opinię o Uniwersytecie w kręgach elit państwowych i wśród średniej szlachty. W Polsce Ludowej sprawa została przypomniana jako rzekomy wyraz walki klasowej studentów. W 1951 r. we Wrocławiu miała miejsce prapremiera widowiska operowego z muzyką Tadeusza Szeligowskiego i librettem Romana Brandstaettera, który później wydał osobną książkę pt. „Wojna żaków z panami” (1954). Pod względem historycznym była to ideologiczna manipulacja.

Zdj. Obraz Jana Matejki „Wyjście żaków z Krakowa za granicę w roku 1549” (Muzeum Narodowe w Krakowie). Po lewej stronie kolegiata św. Floriana i brama cmentarza z herbem Uniwersytetu Krakowskiego. Po prawej w głębi Barbakan i brama Floriańska. W centrum figura Chrystusa Frasobliwego i gmach szpitala Świętego Ducha umieszczone tu symbolicznie na pamiątkę zabytku zniszczonego bezmyślnie decyzją rady miejskiej w latach 1888-1892.