Archiwum UJ jest pozawydziałową jednostką organizacyjną Uniwersytetu Jagiellońskiego, podległą Rektorowi UJ, realizującą zadania wskazane w Regulaminie Archiwum Uniwersytetu Jagiellońskiego, w tym zadania archiwum zakładowego i powołaną do koordynowania całokształtu działalności archiwalnej UJ. Nadzoruje postępowanie z dokumentacją w poszczególnych jednostkach organizacyjnych. Jednocześnie Archiwum UJ jest jednostką, która łączy w swojej działalności funkcje dokumentacyjne, informacyjne, edukacyjne i naukowo-badawcze ze szczególnym uwzględnieniem historii Uniwersytetu. Archiwum Uniwersytetu Jagiellońskiego to jedno z najstarszych i największych archiwów uniwersyteckich na świecie. Jego zbiory liczą prawie osiem tysięcy metrów bieżących akt. W skład zasobu Archiwum UJ wchodzą liczne zespoły archiwalne, między innymi akta urzędu rektora, zgromadzenia ogólnego uniwersytetu, senatu, administracji uniwersyteckiej, wydziałów, kolegiów, burs, katedr, seminariów, zakładów, instytutów, kierunków i specjalizacji studiów, stowarzyszeń i organizacji, masowe akta studenckie, dokumentacja majątkowa, spuścizny profesorskie. Zbiory Archiwum UJ gromadzą też dokumentację pozaaktową (pieczęcie, plakaty) i audiowizualną (fotografie, filmy, nagrania radiowe).